比较常见，往往发生在输尿管口或结石远端0.5~1cm处。当输尿管口狭窄、炎症水肿、组织较脆弱的情况下强行进镜容易发生穿孔或黏膜下假道。此外，还常见于输尿管局部弯曲或结石有息肉包裹，导致视野不清、长时间高压冲洗使输尿管壁扩张变薄时，可表现为看到输尿管外脂肪和造影剂外渗。
其发生原因主要为：
1、结石合并息肉，息肉包裹结石使输尿管腔炎性狭窄，视野缩小，术中出血进一步影响手术视野，尤其在处理息肉根部时导致输尿管穿孔；
2、结石合并上段输尿管扩张、纤曲，甚至呈N型折叠，碎石过程中损伤结石上方输尿管壁而穿孔；
3、结石致输尿管壁炎性水肿，碎石过程中，对输尿管壁的冲击导致输尿管穿孔；
4、术中为保持清晰视野，水泵冲水压力较大时，引起输尿管腔扩张，输尿管壁变薄，钬激光或气压弹道连续碎石过程中损伤到输尿管壁致穿孔；
5、由于光导纤维前端较硬，操作者经验不足，碎石中伸缩幅度过大导致输尿管穿孔；
6、输尿管镜碎石时间过长（大于30min)，水泵长时间压力冲水使输尿管扩张，输尿管壁进一步变薄而容易受损、穿孔。因此，操作者应熟悉输尿管的正常解剖走行，遇到管口狭窄等异常时可适当扩张、导丝或导管引导下直视进镜，避免在炎性水肿期手术；结石较大、较多者，先将导丝越过结石插入肾盂内留作输尿管内支架，可保证碎石术在输尿管内进行；较小穿孔可仅留置双J管，穿孔较大或多发、灌注液渗出较多等情况下，为保护肾功能及减轻输尿管损伤、预防狭窄，可改开放手术修复。
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