由于内窥镜结构中包含多个小而长的开放通道，为微生物、分泌物和血液的残存与交叉感染提供了环境。无论清洗消毒流程有多严格，都没有办法完全消除交叉感染。另外，清洗消毒培训力度不足，也是造成内窥镜交叉感染的原因之一。
多起内窥镜交叉感染事件
美国健康研究协会做过一个官方报道：从年到年，美国同行评审文献中披露的内窥镜交叉感染案例中，涉及交叉感染人数达到人，感染原因主要有内窥镜破损、人工清洗消毒不彻底和自动清洗消毒设备失效等三种，各占总人数的三分之一左右。
跟踪分析数据表明，上述感染人群每27位感染病例中仅有1位被报道。之所以很少见到这方面的报道，主要是由于交叉感染涉及到医疗责任等敏感因素，所以医疗机构都不太愿意披露。年美欧两地爆发超级细菌，最终检测发现，该细菌是由十二指肠镜的设计缺陷及清洗消毒流程缺陷导致，但没有任何一家同行评审文献披露此事。
某品牌内窥镜在全球市场已多次因交叉感染事故而被罚款或产品召回。
年，美国FDA认定复用内窥镜是超级病毒爆发的推手；仅过一年，某内窥镜品牌因支付回扣换取设备购买和隐瞒交叉感染事故，被美国当局罚款6.48亿美元；
两年之后，再次因隐瞒十二指肠镜风险，且事发后不做出合理应对，被美国FDA罚款万美元，一位公司高管甚至因此面临一年入狱的指控。
据当时日本共同社报道称，有关此次十二指肠内窥镜感染事件，已查明欧美有多名患者感染了抗生素难以起效的耐药菌。该内窥镜难以清洗和杀菌的构造可能是原因所在。
而美国民主党议员的一份报告及诉讼材料等显示，问题内窥镜是在福岛县会津若松市的工厂制造、从年起在欧美销售的十二指肠内窥镜TJF-QV，年～年在美国、荷兰、法国、德国的17家医疗机构有多人感染耐药菌。该内窥镜不在日本销售，因此日本国内没有发生感染。在欧美后来采取了提供特殊的清洗刷和提醒注意等安全对策。
一家名为SafeEndoscopy的非营利组织披露了一个大家平时不太注意的事实：消化系统、呼吸系统内窥镜均只有清洗消毒要求，而没有灭菌要求。清洗消毒几乎可以杀死所有微生物，但诸如肝炎、肺结核、HIV、人乳头瘤病毒和疯牛病病毒在目前的清洗消毒标准下依然可以存活。
消毒不当，感染风险大
同时，美国FDA发布了一则安全报告，报告中显示：目前临床使用的十二指肠镜取样研究的初步结果表明，再加工后的污染率高于预期。
研究结果显示：多达3%的样本对多个不太可能引起严重感染的“低
